药物机理不同 不能互相代替
同一种饮水，炮制方法不同，功效各异。如大黄生用峻泻直达下焦，而蒸炙为熟大黄，泻下作用明显减弱，适用于老人、小儿便秘;
炒成大黄炭，不但没有泻下作用，反而有止血、止泻及收敛作用。又如生麻黄解表，麻黄止咳平喘，等等。
药物不能互相代替
同一类药，药性有别，也不能互相代替作用。如川贝母和浙贝母，同为贝母类，但川贝母偏重于治阴虚肺燥的虚证咳嗽，而浙贝母侧重于治外感及内热咳嗽，还可以解一切疮疡肿毒。又如茯苓和猪苓、胡黄连和黄连等。
同一植物的药材生长期和采摘期不同，或生长部位不同，功效也各异。比如枳实和枳壳，同为芸科植物酸橙的果实，而枳实为干燥的幼果，枳壳为成熟的果实，同为行气药，但药力不同。
又如柏子仁和侧柏叶、苏梗和苏叶等均不能互相代替。
有些药名相近，但不属于同一类药物。例如桑螵蛸和海螵蛸，桑螵蛸为螳螂科昆虫刀螂的卵鞘，具有补肾、固精的功效;
而海螵蛸为乌贼科动物乌贼的内壳，具有除湿制酸、止血敛疮的功效。如北柴胡和银柴胡、山茱萸和吴茱萸、百合和百部等，都不能互相代替使用。