从大量的临床资料来看，多数肛瘘不会癌变，但少数患者可导致恶性病，其导致癌变的原因有以下几个方面：
1、药物刺激：长期大量地使用各种局部外用药经常刺激局部，导致癌变。
2、细菌感染：细菌长期存在于瘘管内，特别是绿脓杆菌或结核菌感染，缠绵不愈，可导致癌变。
3、长期的慢性炎症刺激：长期的炎症存在，使得脓性物，以及粪便从瘘管排出，从而刺激细胞异常增生，导致恶性病变。
总之，肛瘘应早诊断、早治疗、防止病久癌变。
