子宫内膜异位症易致不孕
子宫内膜异位症会大大提升女性不孕症的发病率，其患者中女性不孕症发病率为30%～50%，是非子宫内膜症人群的20倍;同时40%～50%的女性不孕症患者合并子宫内膜异位症。子宫内膜异位症导致女性不孕是多种因素相互作用的结果，目前尚无单一的合理解释。
1.机械性因素
在子宫内膜异位症的发展过程中，输卵管多保持疏通性，但卵巢或输卵管周围粘连则成为女性不孕的重要原因。尤其是冰冻骨盆、输卵管粘连可引起拾卵障碍或精子的输卵管内输送障碍。此外，输卵管内子宫内膜异位症病变也可起到直接的影响。
2.腹水异常
腹水属血浆滤液，正常盆腔内存量少5ml，排卵后腹水瞬间增至20ml。腹水体积及腹水中各种激素和其他物质的浓度影响排卵、拾卵、输送受精卵等过程。多数报道认为子宫内膜异位症患者腹水中所含的异常物质可致女性不孕。腹水中PGs如PGF2a、PGE2、FXB2病理性增加，细胞因子特别是白细胞介素可能对输卵管拾卵、受精、受精卵分裂等生殖过程有阻碍作用。
3.卵巢功能异常
子宫内膜异位症可伴有多种卵巢功能异常，如LH峰值异常、卵泡发育异常、无排卵、高液泌乳素血症、黄体功能不全、未破裂卵泡黄素化综合征(LUFS)，其发生率均高于非子宫内膜异位症人群。
4.免疫功能异常
子宫内膜异位症患者可有细胞免疫异常，以异位增生的子宫内膜细胞作为抗原，产生对正常子宫内膜的自身抗体(EMAb)。据报道，子宫内膜异位症患者的子宫内膜存在：IgA、IgG抗体及补体沉着。此外，抗核抗体、抗类脂质抗体等也较高。子宫内膜异位症盆腔发生非特异性炎症反应，实际是由于内异症特异的免疫反应所致。这种局部反应激活巨噬细胞，产生各种细胞因子，导致女性不孕。
5.着床障碍与流产
子宫内膜异位症可影响早期胚胎发育，有黄体功能异常及宫腔内环境异常，干扰早期胚胎的发育及植入，导致着床障碍及流产。临床上子宫内膜异位症患者流产率高于一般人群。